takie coś może się dziać jeśli system nieprawidłowo się zamyka (konkretnie, jeśli wylogowanie następuje w sposób nieprawidłowy - informacje o otwartych programach są zapisywane podczas zamykania sesji danego użytkownika; jeśli sesja jest zamykana nieprawidłowo (np. reset kompa zamiast "zamknij system"), to przy kolejnym starcie systemu wczytywane są stare informacje o otwartych programach).
Czyli po prostu upewnij się czy zamykasz system prawidłowo. Ewentualnie możesz spróbować zamiast zamknąć system, to się po prostu wylogować i zalogować ponownie (oczywiście po uprzednim zamknięciu wszystkich programów) - jeśli problem nadal będzie występował, to znaczy że jest coś nie tak z jakimś menedżerem sesji (zależy jakiego środowiska graficznego używasz - KDE, GNOME, XFCE, itp.)