W katalogach:
~/.local/share/applications
/usr/share/applications
Masz pliki ".desktop" dla wpisów w menu. Co do wine, to u mnie większość jego ikon jest w ~/.local/share/applications i zaczynają się od wine-extention albo userapp-wine. Możesz usunąć niepotrzebne, albo wyedytować edytorem tekstowym.
Robisz tak samo, tylko zamiast usuwać pliki ".desktop", tworzysz je w tych katalogach. "~/.local/share/application" dla jednego użytkownika, a "/usr/share/applications" dla wszystkich.
To są pliki aktywatorów, z tym, że określając kategorię programu sprawiasz, że pojawi się w menu.
np.
aktywator.desktop:
[Desktop Entry]
Name=Test
Exec=komenda
Icon=terminal
Terminal=false
Type=Application
StartupNotify=true
Categories=Utility
doda wpis "Test" w Menu -> Akcesoria z ikoną "terminal" i komendą "komenda".
Exec to komenda, która ma być uruchomiona. Icon to ścieżka do pliku ikony, albo jej nazwa.
Categories:
Utility -- Akcesoria
Network -- Internet
System -- Narzędzia systemowe
Game -- Gry
Development -- Programowanie
AudioVideo
Education -- Edukacja
Office
Możesz też skopiować utworzony aktywator do jednego z powyższych katalogów i ustawić kategorię edytorem tekstowym dodając linię
Ważne, żebyś określił kategorię, bo inaczej nie pojawi się w menu.
Zobacz jeszcze:
http://standards.freedesktop.org/menu-spec/latest/apa.html