Generalnie to nie ma znaczenia na ktorym dysku co instalujesz i na jakiej partycji - bootloader od tego jest zeby wszystko sie uruchomilo i dzialalo. (a przynajmniej sprawialo takie wrazenie
Ze wzgledu na to ze znacznie latwiej jest zainstalowac najpierw windows, a potem linux to zazwyczaj dzieje sie tak, ze windows jest na pierwszym dysku a linux na drugim (albo odpowiednio na pierwszej i drugiej partycji).
Czyli mozna zainstalowac linuxa na jednym a windows na drugim dysku.
W linuxie mozna powiedziec ze programy instaluja sie 'prawie wszdzie' najczesciej w katalogu /usr, ktory moze znajdowac sie na oddzielnej partycji. Nie wybierasz miejsca, linux sam instaluje w odpowiednim miejscu. Pogmatwane? Tak jest latwiej, naprawde. (i dla programisty i dla uzytkownika)
Takiej mozliwosci zeby system na jednej a programy na drugiej raczej miec nie bedziesz. Dlaczego? Bo sam system rowniez po czesci znajduje sie w katalogu /usr.
Zreszta jak zainstalujesz w innym katalogu niz przewidziany to czesc funkcji programu moze nie dzialac, lub caly program moze tez nie dzialac.
Pliki w linuxie sa zupelnie inaczej zorganizowane niz w windows. Tam nie ma podzialu na dysk c:, d:, e: itp, ale wszystko jest logicznie ulozone 'tak jakby' na jednym wielkim dysku (ew. jednym folderze - jak kto woli).