Masz 2 drogi:
1. Nie sprawdzone, na moje oko niezbyt pewne - w katalogu /proc/$PID/fd masz deskryptory plików połączonych z procesem. Pierwsze 3 to OIDP kolejność odpowiednio stdin, stdout i stderr. Nie jestem pewien, czy da się coś "wstrzelić" do takiego deskryptora tak, żeby aplikacja to zassała.
2. "The right way": tworzysz nazwany potok za pomocą mkfifo, odpalasz aplikację tak, aby zasysała z tego potoku a potem sobie wrzucasz tam dane skąd tam chcesz.
mkfifo /tmp/kontrolka
nohup ./djkajdksdajsd < /tmp/kontrolka & echo $!
a potem skądkolwiek
echo "data" > /tmp/kontrolka