Bug w wersji 3.5 eclipse, więcej tutaj : https://bugs.eclipse.org/bugs/show_bug.cgi?id=287307
Rozwiązaniem jest uruchomienie eclipse ze zmienną środowiskową GDK_NATIVE_WINDOWS=1, np. za pomocą skryptu :
#!/bin/sh
export GDK_NATIVE_WINDOWS=1
/home/kamil/eclipse/eclipse
Albo plik 'eclipse.sh' o takiej zawartości wrzuć do katalogu eclipsa i nim odpalaj
#!/bin/sh
export GDK_NATIVE_WINDOWS=1
`dirname $0`/eclipse