Update z wykorzystaniem REPLACE() (https://goo.gl/SWNmE5). Zakładając, że leży to w tabeli tabela_z_linkami, a kolumna ze ścieżką nazywa się link, składnia byłaby taka:
UPDATE tabela_z_linkami SET link=REPLACE(link,'stories/artykuly/','');
Ale chyba szybciej i bezpieczniej będzie zrobić symlinka ze starej do nowej lokalizacji...