Jeżeli chodzi o sprawę (de)fragmentacji dysków w Linuksie (chodzi tutaj zwłaszcza o systemy plików ext2/ext3), to systemy te zostały tak zaprojektowane, żeby już podczas zapisu dbać o to, aby system plików nie był pofragmentowany. Tak więc, jeżeli twój dysk nie jest zapełniony w większej ilości, jak 90%, nie musisz się wcale martwić o sprawę defragmentacji. Jedyna opcja, jaka istnieje tutaj w sprawie optymalizacji dostępu do dysku, to opcja -D programu fsck.ext2 (poczytaj więcej o niej w podręczniku systemowym man).
Jeżeli z kolei uważasz, że defragmentacja dysku spowoduje szybsze operacje wejścia/wyjścia, to raczej spróbuj zapoznać się z poleceniem hdparm (opcje dotyczące (U)DMA, wsparcia dot. 32-bitowej obsługi poleceń we/wy itp) - kilka artykułów dotyczących tej sprawy pojawiło się kilka miesięcy temu w miesięczniku Linux Magazine - u mnie odpowiednia kombinacja parametrów polecenia hdparm spowodowała ok. 20-krotne (!!!) zwiększenie prędkości działania dysku.