Są dwie opcje:
*ja nie rozumiem o co Ci chodzi
*ty nie rozumiesz o co Ci chodzi
![Cheesy :D](http://forum.linux.pl/Smileys/default/cheesy.gif)
W końcu nie jest instotne w jakim edytorze/IDE stworzysz swój program.
Jeżeli piszesz korzystając tylko i wyłacznie ze standardowego C++,
to kod powinien sie kompilować pod każdym kompilatorem, w każdym systemie.
--
Jeżeli korzystasz z zewnętrznych bibliotek, to tu zaczynają się schody:
musisz wybierać takie biblioteki, które są dostępne w wersji na obie platformy.
--
Jeżeli korzystasz z jakiś bibliotek posix, (unistd.h, sys/types.h, itp.)
to możesz próbować kompilować w środowisku mingw w Windows,
ale nie wiem jak to wygląda w praktyce.
--
Ewentualnie możesz korzystać z dyrektyw preprocesora #ifdef,
i definiowac oddzielne fragmenty kodu dla windows, oddzielne dla linuksa.
pozdrawiam, Janek