Dzięki, faktycznie teraz już nie nadpisuje.
Ale okazuje się że musi być coś jeszcze z tym związanego gdyż nie reaguje na tą linijke debug.
Wygląda to tak, na przykładzie opcji ciągłego biegu postaci w grze, za którą odpowiada: SetPrivateProfileString('Game Options','Always Run','1')
Gdy zaznaczę tę opcję w grze z 0 wskakuje na 1 i jest ok. Ale gdy ręcznie edytuje w mousepad z 0 na 1 i robię chattr +i to gra jakby nie widziała, że jest 1.
Co więcej, usunąłem zawartość Baldur.lua, zrobiłem chattr +i gra i tak odpala, chociaż zmian opcji nie zapisuje - jakiś bufor się gdzieś tworzy, czy co?
No cóż, jeszcze się z tym pobawię...
Problem rozwiązany: chodziło o złe znaki, powinno być '1' - a były jakieś inne i wykrzaczało wszelkie zmiany

.