O jezu, zdaje się, że próbujesz się robić na znawcę linuksa. "Przechodzić" - "przechodzi". Wszędzie. Tylko nie tu jest problem.
Masz dowolną paczkę, w której coś jest. Każda paczka linuksa jest tak skonstruowana, że zawiera jakieś pliki, które są jakimś programem zarchiwizowane i podawane jako "paczka" w systemie. Podczas instalacji - w skrócie - owa paczka jest rozpakowywana w odpowiednie miejsca. To mniej więcej tak, jakbyś miał programy w *.zip, *.rar, czy czymkolwiek innym. System jednak również dba o swoją "poprawność", czyli m.in. zachowuje informacje o tym jakie pliki zostały dostarczone. Jeśli te pliki jakoś zostaną zmienione, to widzisz to m.in. w przypadku pacmana po -Qk/-Qkk. Jeśli dostarczysz "ręcznie" do przestrzeni systemowej jakiś plik, to może się zdarzyć, że aktualizacja/instalacja czegoś będzie próbować również zainstalować taki plik i wówczas będzie to niemożliwe. Wtedy będziesz nas męczyć, że "aktualizacja nie powiodła się", ale nie podasz jednocześnie informacji, że sam dokonałeś zmian tam, gdzie Cię nikt o to nie prosił.
Linux to taki system, w którym panuje zasada: wolnoć Tomku w swoim domku. W tym przypadku wolno robić tylko tam, gdzie się ma swoje uprawnienia. Zresztą dla kursora dla danego użytkownika (zresztą czegokolwiek z zakresu danego wyglądu) właściwe miejsce jest w jego katalogu domowym.