Nowe posty

Autor Wątek: Problem z uruchomieniem programu mstatspop  (Przeczytany 2288 razy)

jamochłon

  • Gość
Problem z uruchomieniem programu mstatspop
« dnia: 2016-04-08, 11:42:52 »
[ADM: Podzielono wątek]

Szanowni użytkownicy,

Nawiązuję do rozmowy powyżej, bo interesuje mnie konkretnie wspomniany program mstatspop.
Również potrzebuję skorzystać z niego do swojej pracy magisterskiej, a promotor jest akurat w terenie i nie bardzo może pomóc. Może mój poprzednik podzieli się doświadczeniem?

Ściągnęłam program ze strony twórców (https://bioinformatics.cragenomica.es/numgenomics/people/sebas/software/software.html) i rozpakowałam. Wszelkie moje próby użycia go spełzły na niczym, nawet nie wiem co to za kod. Również skopiowanie tutaj zamieszczonego skryptu (z dostosowaniem ścieżek oczywiście) nie pomogło. Dostaję tylko odpowiedź:
1: /home/.../mstatpop/page3_4/mstatspop_pack/bin/mstatspop: Syntax error: ")" unexpected

Może pomoże załączony plik z objaśnieniami i przykładami zastosowań?

Przepraszam, jestem zupełnym prymitywem. Za wszelką pomoc będę bardzo wdzięczna.
j.
« Ostatnia zmiana: 2016-04-08, 12:10:39 wysłana przez Paweł Kraszewski »

Offline Paweł Kraszewski

  • Administrator
  • Guru
  • *****
  • Wiadomości: 2839
  • Lenistwo jest matką potrzeby = babcią wynalazku
    • Zobacz profil
Odp: Problem z uruchomieniem programu mstatspop
« Odpowiedź #1 dnia: 2016-04-08, 12:17:44 »
Pytanie jest na tyle różne od pierwotnego wątku, że wydzieliłem je na osobny wątek.

1. Jak są błędy, to wklejaj cały zapis błędu, a nie fragment, który ty uważasz za istotny (cytat Przepraszam, jestem zupełnym prymitywem. Za wszelką pomoc będę bardzo wdzięczna.). Tutaj istotny był dużo wcześniejszy błąd "./sources/optimal-RinfR0.h:34:26: fatal error: gsl/gsl_rng.h: Nie ma takiego pliku ani katalogu compilation terminated."

2. Do poprawnej kompilacji potrzebny jest zestaw nagłówków do biblioteki gsl - w przypadku Debiana/Ubuntu i pochodnych jest to pakiet libgsl-dev.

3. U mnie wysypuje się jeden test, "Example ms.13.txt". Komunikat "free(): invalid pointer [...] Aborted (core dumped)" sugeruje błąd w samym programie.
Paweł Kraszewski
~Arch/Void/Gentoo/FreeBSD/OpenBSD/Specjalizowane customy

jamochłon

  • Gość
Odp: Problem z uruchomieniem programu mstatspop
« Odpowiedź #2 dnia: 2016-04-28, 20:31:37 »
Bardzo dziękuję za odpowiedź.
Przepraszam, dopiero teraz się zorientowałam, że taką dostałam.

W międzyczasie udało mi się porozumieć z kimś, kto wyjaśnił mi istnienie i sens kompilacji oraz pomógł to zrobić. Program już działa, ale rzeczywiście błędnie (co widać przy porównaniu wyników z outputem poprzedniej wersji).

W każdym razie dziękuję,
j.