Najlepiej założyć nową tablicę partycji i postawić na nowo system plików (fat).
To nie jest jakaś "linuksowa" wiedza, tylko bardzo ogólna i "przenośna", bo wszędzie wygląda to tak samo.
Więc nie wiem dlaczego pytasz tutaj. Chcesz wiedzieć jak to zrobić spod Linuksa? Czy nie wiesz nawet co tak na prawdę chcesz zrobić, a klikanie w zaklęte ikonki na windowsie nie działa?
Spod Linuksa:
a) graficznie: np. gparted
b) z konsoli:
0. możesz sobie wyczyścić absolutnie całego pendrive:
dd bs=4K if=/dev/zero of=/dev/sdX
1. za pomocą `fdisk` zakładasz nową tablicę partycji albo modyfikujesz starą - tworzysz (zapewne) jedną partycję podstawową:
http://tldp.org/HOWTO/Partition/fdisk_partitioning.html2. zakładasz system plików na partycji za pomocą mkfs.fat (aka mkdosfs)