Z tego co się orientuję, to libfaac jest standardowo usunięty z ffmpega ze względów licencyjnych.
Najłatwiej jest użyć kodeka aac zamiast libfaac zamieniając
ffmpeg (...) -acodec libfaac (...)
na
ffmpeg (...) -acodec aac -strict experimental (...)
Np. dla swojej starej Nokii robiłem to tak:
ffmpeg -i video.mp4 -s qcif -vcodec h263 -acodec aac -ac 1 -ar 8000 -r 12.5 -ab 32k -y -strict experimental video.3gp
Musisz tylko podrasować jakość, bo Nokia, którą miałem była starsza od węgla, ale te opcje działały.
Jeżeli chodzi o FF Multi Convertera, to nie wiem jak to ustawić bo nigdy go nie używałem. Przypuszczam, że ma gdzieś pliki z profilami albo coś w tym stylu.