Takie coś zamuliłoby cały system, ale oczywiście jest to możliwe.
"Tworzenie, edycja plików" w wyższej warstwie polega na używaniu bibliotek libc, a w niższej wywołań kernela. W oba miejsce można się wpiąć, podmieniając bibliotekę lub dodając kod do kernela. Ale że nigdy tego praktycznie nie robiłem, to nie podam ci żadnych konkretnych narzędzi, o ile takie w ogóle istnieją, bo zdecydowanie jest to niecodzienne zadanie.
Może wystarczy ci debugowanie pojedynczego programu, a nie całego systemu?
Wtedy wystarczy odpalić dany program przez polecenie "strace".
Ale jeśli chcesz debugować swój własny skrypt, to sam dodaj do niego opcję --debug, przy której będzie wypluwał do pliku wszystko co robi (set -x) i jakie dane otrzymuje przy każdym kroku. Tak jest najporządniej i zazwyczaj wystarcza.