Uczyń tak jak napisał powyżej kolega.
Ja od siebie dodam, że jeśli Kubuntu (bądź innego linuksa) masz na dysku zewnętrznym, warto zainstalować program rozruchowy właśnie na jego partycji systemowej. Dzięki temu gdy podłączysz dysk zewnętrzny - będzie bootloader Kubuntu, gdy dysk nie będzie podpięty, zobaczysz tylko ekran startowy windowsa. (chyba, że dalej istniał będzie problem, ale tym razem z flagami rozruchowymi)
Nie wiem jak wygląda instalator Kubuntu, ale jeśli w jego trakcie program nie pyta się, gdzie zainstalować Gruba (czy w MBR, czy na partycji systemowej), to jest to z jednej strony uproszczenie, z drugiej zaś może powodować komplikacje, o których pisze dawd_wml.