1) Nie wiem jaką masz kartę.
2) Nie wiem jakiego sterownika używasz.
3) Nie wiem jaki masz system dźwięku (pulse, jack, itd).
4) nie wiem jaki masz system operacyjny.
Mogę jedynie zgadywać. W starszych wersjach flasha był ten kłopot dosyć popularny. Dlatego sprawdź, czy ładuje Ci właściwą wersję pluginu, bo może być inna wersja na ścieżce przeszukiwania, np. w katalogu domowym.
Możesz spróbować zainstalować pakiet libflashsupport. Z tego co wiem, niektóre dystrybucje nie instalują go standardowo, a podobno pomaga.
Najczęściej gryzą się programy, które używają własnej obsługi dźwięku, jak np flash i java.
Naprawdę nie chce mi się zgadywać. Szukaj informacji na temat konkretnej karty i systemu.