Nie wiem, jak to robią mysql-owi guru,ale w moim wypadku sprawdziła się taka metoda:
Po pierwsze backup danych - bezwzględnie i zawsze! Zawartość /var/lib/mysql skopiuj na inny dysk/partycję/katalog.
Po drugie - zakładam że masz mysql instalowany z paczek - albo więc automatycznie zaktualizuje Ci mysql\\'a swaret (
http://swaret.sourceforge.net) albo ktualizacja paczki przy pomocy installpkg.
Ach, zapomniałbym - aby aktualizacja poszła gładko wszystko oczywiście wykonujesz przy nieaktywnym serwerze mysql. Po dokonanej zmianie uruchamiasz ponownie serwer i voila - w 99% masz sprawny serwer z podłączonymi poprzednimi bazami.
Jak na razie tą metodą przeszedłem z 4.0 do wersji obecnej 4.0.24 (korzystam z niej na codzień) a tą z kolei (same bazy) testowo przeniosłem na 4.1.12 (kompilowane ze źródeł!) i jak do tej pory wszystko wygląda na to, że działa ok. Raz jeden (nie pamiętam przy której wersji) wyrzucało jakieś drobne błędy, ale nic szczególnego.
Jedno zastrzeżenie - 4.0.24 uruchamiam na innym komputerze, zaś 4.1.12 na drugim - nie próbowałem jednoczesnie na tej samej maszynie wyhodować dwóch różnych gaęzi mysql.
Aha - bazy które testowałem należą do mwforum a system to slackware-current. Do sprawdzenia działania mysql\\'a używałem MySql Administrator 1.0.19 - tyle, że wielokrotnie to to mi się posypało (wina programu, nie serwera). Może w nowej wersji działa stabilniej?
Powodzenia.