Od kolejności wykrycia, w dużej mierze BIOSa. generalnie libata, bym nawet rzekł że losowo, gdyż nie ma już ustalonych primary/secondary master/slave jak to bylło w przypadku dawnych sterowników opartych o IDE(a nie libata) dla dysków PATA(IDE).
Jezeli chcesz miec montowanie w /etc/fstab i GRUBie niezależnie od /dev/sdX, to używaj UUID, lub ewnetualnie LABELi(większa szansa kolizji nazw).
A co do rebootu, to troche dziwne. Skoro postawiles gentoo, to zakladam że umiesz korzystać z rescuecd. Na poczatek przelec fsck -f /dev/sdXX. Potem podmontuj system plików z gentoo(mkdir /dest; mount /dev/sdaXX /dest), podbinduj /dev ze chroota(mount -obind /dev /dest/dev), chrootuj sie(chroot /dest), no i na koniec wywołaj 'mount -a'). Jeżeli podmontowało się wszystko bez problemu, to przejdź dalej, jeżeli coś nie tak, to popraw /etc/fstab w chroocie, warto także sprawdzic czy /etc/mtab nie jest popsuty(jezeli problem przy starcie jest zwiazany z niemozliwoscia przemontowania z ro do rw).
A teraz wywołaj 'telinit 3' czy tudzież 'init 3' ze chroota. Powinien wstać system ze chroota(twoje gentoo) na jajku z rescuecd. Jeżeli wstanie, to bym zaczął od initrd/initramfs czy ewentualnie przeinstalowania jajka.
A jeżeli powyższe instrukcje nie pomogą, to bym sprawdził czy wszystkie urzadzenia są dopięte po zamianie dysków(szczególnie karta graficzna, jeżeli to podczas startu demonów[ładowanie radeon/i9xx z KMS?]), wyłączył wszelkie demony z readahead, itd, komunikujące się z dyskiem bezpośrednio({h,s}dparm, smartdaemon, itd.
No i oczywiście sprawdził czy sprzęt jest sprawny, memtest86+(RAM), na tomiast dysk twardy przeleciał badblocks(troche to trwa, ale możliwe ze dysk ma bady, szczególnie w przypadku tanich atrap zasilaczy typu LC/Codegen/Modecom z serii FEEL/Deer), no i oczywiście odpalil jakieś livecd, bo może coś się źle skopiowało po prostu.