Jeśli dobrze rozumiem, sekwencer odpowiada mniej więcej za ułożenie i wysłanie komunikatów (np. MIDI) do innego urządzenia czy programu (np. syntezatora).
Wątpliwą alternatywą dla "dżeka" może być aconnect z paczki alsa-utils. Nie zajmuje się on przesyłaniem sygnału audio. Nie wiem też, które programy współpracują z nim. Przykładowo, ZynAddSubFX z opcją -A (czyli bez dżeka) nie ogłosił swojego portu w aconnect, ale niewykluczone, że wystarczy gdzieś podłubać.
Zamiast uciekać od dżeka, lepiej wrzuć komunikaty (z terminala lub okienka błędów programu qjackctl) jego błędów.