Kazdy linux czy to instalowany z wiersza polecen czy instalatorem zazwyczaj ma narzedzie do partycjonowania ktore uzywane jest podczas instalacji. Instalator ubuntu tez posiada takie narzedzie. Wystarczy dojsc do kroku instalacji w ktorym nalezy wybrac podzial partycji i usunac ta partycje co ma ext3, zostanie wtedy puste miejsce na dysku, ktore wydaje mi sie plytka instalacyjna windows'a powinna rozpoznac i wykorzystac na instalacje nowego systemu. Pametaj by nie instalowac dalej Ubuntu tylko gdy zrobi Ci porzadek z ta partycja przerwij instalacje ubuntu. Taki jest moj patent moze ktos ma inny 
Tylko, że to co piszesz to nie ma sensu, bo to chodzenie na około. Wystarczy odpalić Ubuntu w Live CD i uruchomić nie instalację tylko GParted (właśnie z GParted korzysta instalator Ubuntu) i tam zrobić co trzeba.
EDIT: Jak instalator nie widzi dysku, to rzeczywiście problem braku sterowników do niego w instalatorze 
To zapewne chodzi o to, że z poziomu Windowsa nie widzi ext3, instalator powinien tylko pokazać te partycje jako (dla niego) nieznane.
Pozdrawiam!