Są dwie strony medalu:
Pierwsza
./configure i względnie plik Makefile.in (wykonywany przez make) mogę zawierać błędy, co może zagrażać systemowi.
Do tego polecenie ./configure testuje system na działanie różnych bibliotek i warto testować te bilioteki z poziomu zwykłego "śmiertelnego" użytkownika - mogą wyjść na jaw błędy złych uprawnień, potem trudne do wykrycia.
Druga
Podczas ./configure i make użytkownik przeprowadza operacje na plikach źródłowych, które przekształcają się w program, który będzie używany przez wszystkich użytkowników komputera. Na większych (dużo użytkowników) i krytycznych systemach należy zwrócić szczególną uwagę, czy tych źródeł nie może ktoś obcy (np. użytwkonik z tej samej grupy) nam ukradkiem wyedytować i przemycić czegoś, co po kompilacji i instalacji stanie się poważnym zagrożeniem.
Z tego powodu (jest to stosowane np. Gentoo) ./configure i make przeprowadza się z uprawnieniami specjalnego użytkownika wewnątrz specjalnego systemu monitorującego jej przebieg - z ang "sandbox" - piaskownicy.