Dziwna sprawa.
Z komputerem na pewno wszystko jest w porządku? Po tym jak Linux wywoła restart, komputer powinien się zrestartować, i od tego momentu Linuksa już nie ma. Teraz zadanie podstawowego wykrycia sprzętu i uruchomiania komputera do menadżera ładowania (grub, lilo, czy choćby windowsowy loader) przejmuje BIOS.
Sprawdź, czy coś w ustawieniach BIOSu nie jest namieszane.
Inna możliwość to to, że komputer potrzebuje specjalnego traktowania przy restarcie - windows o tym wie, bo albo ms dostał sterowniki od producenta płyty, albo komputer jest "Designed for Windows XP" tudzież vista i skrojony jest pod te systemy. Tak czy inaczej, w tym przypadku byłaby to _wina_ sprzętu.
Miałem podobny przypadek i problem był z konfliktem dysku na SATA, ale mapowanego na PATA z podpiętą do gniazda PATA nagrywarką DVD. Oba były przez BIOS widziane jako jedno urządzenie, więc w czasie bootowania się prześcigały w komunikatach i komputer raz działał, raz się zwieszał. Pomogło wyłączenie wykrywania urządzeń IDE w BIOSie. Linux i tak sam je wykryje, a BIOS lepiej niech się nie przemęcza, bo widać z jakością kiepsko.
Pozdrawiam.