Nie wiem czy to pomoże, ale...
Windows zapisuje informacje o strukturze plików (drzewo plików/katalogów) na CD w osobnych strukturach aniżeli ISO-9660 (tzw. Joliet, służy m.in. do obsługi długich nazw plików) i z tego "swojego" drzewa korzysta; natomiast (tradycyjnie) wszystkie pozostałe systemy długie nazwy obsługują przez rozszerzenie formatu ISO-9660 o nazwie RockRidge, i tu może być problem, ponieważ drzewa ISO<->Joliet mogą się od siebie różnić.
Możesz montować system plików zarówno z i jak i bez obsługi Joliet/RockRidge, a jakie to są dokładnie opcje, znajdziesz w dokumentacji źródeł jądra (bodajże Documentation/filesystems/iso9660.txt albo coś koło tego).