Szkoda że dopiero teraz wypatrzyłem ten wątek...
Sprawdź poleceniem locale czy masz UTF-8. Jeśli tak, to zamiast aterma proponuję rxvt-unicode (urxvt), który jest podobny w zachowaniu (sam nie przepadam za Xterm). Z tego co wiem, aterm nie obsługuje unikodu.
Czcionki dostarczane są do Xorg na kilka sposobów.
Ten klasyczny przerobiliście już wyżej w jakimś stopniu, choć ręcznie można dodawać je z poziomu użytkownika. Ponieważ zaproponuję co innego, poszukaj sam wg kluczy xset fp rehash, mkfontdir, mkfontscale.
Tu listę fontów wspierających UTF-8 (iso10646-1) wyświetlisz sobie poleceniem xlsfonts | grep 10646 lub używając xfontsel.
Sam używam w terminalu czcionki bitmapowej (czyli nieskalowalnej) Fixed 15 z paczki
xfonts-efont-unicode (w Debianie tak się zwie).
Drugi sposób dostarczania czcionek to fontconfig. Korzysta z niego większość współczesnych aplikacji w Xorg. Dostępne w ten sposób czcionki wyświetlasz poleceniem fc-list (z ew. parametrami). A urxvt dajesz parametr, przykładowo -fn "xft:Bitstream Vera Sans Mono:pixelsize=15". Na razie nie znalazłem przyjemnych dla swojego oka czcionek z fontconfig.