Jeśli ten komputer ma 4 GB RAMu, to tylko 64 bity (nie pamiętam czy system 32 bitowy widzi max 2GB czy 4GB, ale jeśli masz 4GB RAMu to na pewno 32bitowy system nie widziałby swapu; poza tym jeśli będziesz chciał dołożyć RAMu to i tak będziesz potrzebował wtedy 64 bitowego systemu).
A jeśli to będzie system serwerowy, to tym bardziej 64 bity się przydadzą.
Gdyby to był system biurkowy, to z wersją 64 bitową jest taki problem, że nie ma 64 bitowej wtyczki java do firefoxa (chociaż sama java 64 bitowa jest; chociaż dla użytkowników opery czy konquerora nie jest to problem - te przeglądarki kożystają z javy bez pośrednio - nie potrzebują wtyczki), oraz nie ma kilku zamkniętych programów w 64 bitowych wersjach (skype, google maps, itp.). Kiedyś był problem jeszcze z zamkniętymi windowsowymi kodekami i z open office, ale już od jakiegoś czasu są w pełni sprawne 64 bitowe wersje tych programów.
Partycja swap będzie najwydajniejsza, jeśli będzie na dysku osobnym niż sam system. Co do wielkości, to przyjęła się zasada, że swap powinien mieć 2xRAM (niektórzy twierdzą, że przy takiej ilości RAMu tyle swapu to i tak za dużo, ale jeśli system to serwer, to ja nie mam pewności).
No i system oczywiście lepiej jak będzie na szybszym dysku. Ale ten mniejszy też możesz dać (chociażby do swapu; potem może się do czegoś jeszcze przydać)
EDIT: czy można mieć SATA i SATA II na jednej płycie - nie wiem - nigdy nie próbowałem, ale chyba można, bo i tak każdy z nich podłączasz do innego kontrolera.
Problem ze sterownikami. (5)