W Uniksie są grupy takie jak admin, sudo, wheel (i oczywiście root), które dają dużo możliwości co do konfiguracji uprawnień dla poszczególnych użytkowników (w tym dostępu do różnego rodzaju katalogów). Raczej zainteresuj się tymi grupami (znaczy poczytaj do czego służą, jakie dają możliwości itp.) zamiast rozdawać uprawnienia root'a na lewo i prawo.
Może wymaga to więcej wysiłku niż rozwiązanie, które ty wybrałeś, ale kto powiedział, że bezpieczna administracja systemem jest łatwa?
W końcu UNIX istnieje od bardzo dawna i wszystkie te mechanizmy wykształciły się przez te kilkadziesiąt lat pracy ludzi z tymi systemami (w poważnych zastosowaniach) - warto korzystać z tych doświadczeń.