Być może dotychczas korzystałeś (i korzystasz) z domyślnych, zawartych w paczkach ustawień, zamiast tworzyć własnych zapisanych gdzieś w katalogu domowym (zazwyczaj w ~/.kde/share/ ustawienia środowisla i programów z KDE lądują). Z braku spersonalizowanych ustawień menu, KDE być może pobiera te domyślne, które mogą się zmieniać wraz z kolejnymi aktualizacjami.
Nie zaproponuję Ci niczego konkretnego poza poszukaniem (ew. doinstalowaniem) i zapisaniem wyboru w kcontrol podobającego Ci się motywu graficznego.
Sam od jakiegoś czasu staram się jako użytkownik uniezależniać od systemowych ustawień, na ile to możliwe, i korzystać z praw root-a tylko w ostateczności.
Podobny problem do Twojego mam z xdm (logowanie do X, czyli jeszcze przed wyborem użytkownika). Co nowa wersja, to gubię ustawienia. Ale zachowałem sobie własny plik konfiguracyjny i radzę sobie z tym okrężnie, kopiując go z powrotem po uaktualnieniu xdm.